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 殼聚糖具有較強的抗真菌性的事實已為人熟知。Alen等人對46種真菌的抑菌實驗發(fā)現(xiàn)殼聚糖對薄狀菌屬、脈孢菌屬、座線孢菌屬等32種真菌具有抑制作用。金殼氨糖廠家表示一般地，當殼聚糖的濃度達到100μg/mL時，即可表現(xiàn)出抗真菌性，且抗真菌性與殼聚糖顆粒的大小成反比。殼聚糖的聚合度對其抗真菌性有較大的影響，聚合度降低，則殼聚糖所能抑制的真菌種類減少，但抑制的程度加強。Kendra等人還發(fā)現(xiàn)，七聚體的殼聚糖具有Z強的抗真菌性。 
殼聚糖對大腸桿菌、熒光假單胞菌、金黃色葡萄球菌、枯草桿菌等有良好的抑制作用，并且還能抑制鮮活食品的生理變化。殼聚糖天然無毒，適用于偏酸性及含蛋白質(zhì)少的食品保鮮，遇高分子和離子性復(fù)合物可凝集。例如水果的防腐保鮮，用量為醋酸0.1%+殼聚糖0.05%-0.1%。殼聚糖的衍生物也有很好的抗菌性，甚至強于殼聚糖。